Une collaboration étroite avec le Centre de Calcul de l'Université de Bourgogne
La FHU TRANSLAD s’est dotée d’une plateforme bioinformatique performante grâce à l’obtention successive de différents financements (DGOS par Plan Maladies rares 2, Région Bourgogne, CPER, FEDER). La plateforme est actuellement composée de serveurs de calcul (DELL C6100) de 256 coeurs et de serveurs de stockage (DELL R510) de 180 To, installés au sein du Centre de Calcul de l'Université de Bourgogne, permettant ainsi la mise en place d'une plateforme d'analyse standardisée avec une interface graphique accessible par plusieurs utilisateurs en simultané et le stockage à long terme des données de séquençage.
Le développement de cette plateforme s'inscrit dans une démarche plus large, qui vise à regrouper les compétences locales en bioinformatique et biostatistique sous une plateforme de bioinformatique commune, BIOME, labellisée par le COS plateforme de l’Université de Bourgogne, afin de mieux répondre aux besoins croissants d'analyse de données massives en génomique et transcriptomique.
Pourquoi une plateforme bioinformatique ?
Les appareils de séquençage haut débit sont capables de séquencer jusqu'à 600 milliards de nucléotides en une expérience posant un défi de taille : la gestion et l'analyse des données colossales générées. À titre d'exemple, le séquençage de l'exome d'un patient génère typiquement de 5 à 15 milliards de bases, ces données brutes représentent des fichiers de plusieurs giga-octets.
Analyser et interpréter ce déluge de données nécessite donc des connaissances très spécifiques en bioinformatique. Ainsi, la mise en place du séquençage haut débit en routine de diagnostic ne pouvait être rendu possible que par la création d'une plateforme bioinformatique spécialisée dans l'analyse de ces données.
Les objectifs de la plateforme
- Consolider et développer l'expertise locale en bioinformatique et biostatistique appliquée aux données produites en protéomique, génomique et transcriptomique
- Aider les équipes locales dans le cadre de projets nécessitant la production de données massives, de la conception des expériences à l'analyse et l'interprétation des données: développer l'utilisation de l'exome pour le diagnostic des patients atteints de maladies rares avec anomalies du développement
- Servir de base à la formation d'étudiants/professionnels et à la dissémination d'outils d'analyse de données.